Muzejska djelatnost se od osnutka ustanove do 2002. odnosila na nekoliko zbirki i povijesnih lokacija:
Arheološka zbirka osnovana je 1962. Godine a 1966 otvoren je stalni postav u crkvi sv Marak. Postav je preuređen 1982.godine a potom i 1999. Od 2010. je zbirka pohranjena a postav rasformiran radi istražnih radova.
Lapidarij je 1966. ga je uredio Davor Domančić.
1957. je osnovana galerija moderne umjetnosti. Djelovanje galerije i prezentacija povijesnog kazališta objedinjeni su u muzejsko-galerijsku lokaciju. 2002. Povijesno kazalište i galerija sistematiziraju se kao zasebne muzejske jedinice.
Od 1970. postaje sjedištem ustanove. U dvije zgrade smještaju se ured, muzejski i dokumentacijski fondovi. Od 1999. Na katu istočne zgrade uređen je Salon Hanibala Lucića.
Ostavštinu svestranog prirodoslovca sakupio je 1953. Niko Duboković