Zbirka podmorske arheološke građe najbrojni je muzejski fond Muzeja hvarske baštine i broji oko 2800 predmeta. Nastala je najvećim dijelom kao rezultat zaštitnih arheoloških istraživanja, koja su uslijedila tijekom 1980-ih. g., i to nakon brojnih pljački i oštećenja podmorskih arheoloških lokaliteta od strane sportskih ronioca. Istraživanja je provodio Odjel za podmorska istraživanja republičkog, odnosno državnog zavoda za zaštitu spomenika kulture, a kasnije Restauratorskog zavoda Republike Hrvatske. Manji dio zbirke nastao je otkupom i poklonom od lokalnih ronioca i ribara.
Materijal je uglavnom antičkog podrijetla, a prema vrsti predmeta prevladava brodski teret (amfore i sitna kuhinjska keramika), dok ostali predmeti pripadaju dijelovima brodske opreme i kuhinje (olovne prečke antičkih sidara, dijelovi brodske crpke, tanjuri i zdjele iz kuhinjske pribora broda).
Zbirka se najvećim brojem sastoji od ostataka nekoliko antičkih brodoloma.
Najbrojnija cjelina pripada ostacima brodoloma kod rta Izmetišća na Paklenim otocima ispred grada Hvara, koji je istraživan u više navrata u razdoblju od 1985. do 1990 g. i sa čega je izvađeno oko 2300 komada rimskog kuhinjskog posuđa. Radi se o rimskom provincijalnom posuđu i posuđu tipa sigillata B istočno-mediteranske provenijencije iz druge polovice 2. st. poslije Krista (tanjuri, zdjele, lonci, poklopci, čaše, vrčevi, sve u raznim veličinama). Istom brodolomu pripada 8 kamenih i jedan granitni blok težine oko 4 tone, od kojih je ovaj zadnji izvađen i izložen u parku Mali Đardin u Hvaru.
Brodolom u uvali Store Stoni, također na Paklenim otocima istražen je 1986/87. g. S ovih istraživanja potječe oko 170 predmeta, od čega oko 100 amfora tipa Lamboglia 2, što cjelovitih što slomljenih, budući da su izrazito loše kvalitete.
Materijal s brodoloma u uvali Veli Porat na Šćedru izvađen je u istraživanju 1983. g. i broji oko 190 predmeta, a sastoji se od raznovrsnih keramičkih posuda fine izrade, ulomaka amfora tipa Lamboglia 2, ostataka brodske olovne pumpe, te elemenata brodske kuhinje. Materijal se datira oko sredine 1. st. prije Krista.
Na zaštitnim istraživanjima provedenim 1997. g., na poznatom i gotovo potpuno opustošenom brodolomu na lokaciji Petrov Bok zapadno od grada Hvara, pronađeno je i izvađeno oko 60 manjih predmeta, uglavnom keramičkih ulomaka iz 4/5. st. poslije Krista.
S istraživanja provedenog 1987. g. na antičkom brodolomu u podmorju Palagruže, iz 1. st. poslije Krista, potječe 26 predmeta, za našu sredinu, vrlo specifičnog podrijetla i oblika (hispanske amfore raznih oblika i namjena, veliki italski tanjuri i mortari, olovna sidrena prečka).
potječu S istraživanja ugroženih ostataka brodoloma italskog trgovačkog broda iz 1. st. prije Krista, provedenih 1997. g. kod Lastova, potječe šest amfora tipa Lamboglia 2.