Zbirka starih fotografija
Zbirka starih fotografija obuhvaća fotografije i negative nastale do 1960-ih godina. Veći dio spada na ostavštinu fotografa Stevana i Katarine Benčić. Uz nju je značajna i ostavština Petra Novaka, a Muzej čuva i druge fotografije.
Galerija
Zbirka starih i rijetkih knjiga
Zbirka starih i rijetkih knjiga obuhvaća knjige tiskane od 16. st. do 1850. godine. Zbirka je nastala prikupljanjem i donacijama od osnutka ustanove. Danas se uglavnom dopunja otkupom. Izdvaja se podzbirka knjiga hvarskog književnika, povjesničara i diplomata Ivana Frane Biundovića, koja sadrži 9 izdanja njegovih djela na talijanskom, engleskom, njemačkom i francuskom jeziku.
Galerija
Zbirka dokumenta hvarske komune
Zbirka dokumenta hvarske komune obuhvaća fondove arhivske građe sakupljene u Muzeju hvarske baštine. Građa je nastala od 15. do 20. stoljeća, radom javnih, privatnih i crkvenih stvaratelja otoka Hvara. Muzej arhivsku građu prikuplja od svoga osnutka kao Historijski arhiv komune hvarske, većina građe prikupljena je marom njegova osnivač dr. Nike Dubokovića, ali rad na prikupljanju traje i danas. Uz Muzej, o ovoj građi brine i Sabirni centar u Hvaru Državnog arhiva u Splitu, koji također djeluje u Ljetnikovcu Hanibala Lucića. Godine 2015. uređen je novi prostor za pohranu Zbirke u prizemlju zapadne zgrade Ljetnikovca.
Dokumentarna Zbirka Mali fondovi
Muzej hvarske baštine obuhvaća arhivsku građu nastalu od 15. do 21. stoljeća. Građa je tematski grupirana u 489 fascikli.